Como ha pasado en tantos otros monasterios, éste se construyó en diferentes épocas y sufrió notables reformas.

Al monasterio se accede por un arco de triunfo del s. XVI. Muy cerca se encuentra un monolito que recuerda el encuentro de Felipe II con D. Juan de Austria “Jeromín”, acontecimiento acaecido el día 28 de septiembre de 1559, en este lugar. Del siglo XVI es también la fachada de la hospedería, en la que resaltan los escudos del Abad y de Alfonso VII.
La fachada de la iglesia y sus dos torres son de mediados del s. XVII, de la Escuela de Ventura Rodríguez.

Ya en el interior, resaltan los dos claustros, el claustro de la hospedería y el claustro regular, ambos del s. XVII. En la pared del claustro regular sobresalen unos lucillos que en su día sirvieron de enterramiento y abundantes marcas de cantero.
La sala capitular, es de finales del s. XII. En ella destaca la sencillez propia del cister. De la misma época son la sacristía y la biblioteca claustral. A la entrada de la sala de los trabajos, actual salón de actos de la Escuela de Capacitación Agraria, están el calefactorium y el locutorio.